1. Populární název judikátu: Vrácený přeplatek není razítko správnosti (doporučeno)
2. Jednověté shrnutí: NSS potvrdil, že konkludentní doměření daně a vrácení přeplatku neznamená, že správce daně věcně schválil postup plátce, ani nebrání pozdější kontrole týchž nároků.
3. O co šlo: Město Třebíč uplatnilo v dodatečných přiznáních k DPH za prosinec 2020 a 2021 vyšší nároky na odpočet podle upraveného poměrného koeficientu. Finanční úřad přeplatky vrátil, později si však vyžádal evidenci a vysvětlení výpočtu a následně formálně zahájil daňovou kontrolu. Město tvrdilo, že správce daně už dříve vedl „skrytou“ kontrolu, tu ukončil akceptací přiznání, a nová kontrola je proto nezákonně opakovaná [2–7].
4. Právní otázka: Je formálně zahájená daňová kontrola nezákonně opakovaná, pokud správce daně předtím komunikoval s daňovým subjektem, vyplatil přeplatek a vydal dodatečné platební výměry?
5. Co soud řekl: NSS zdůraznil, že kasační stížnost zčásti jen opakovala žalobní argumentaci k září 2023, a proto se jí věcně nezabýval [21]. Klíčově však potvrdil, že konkludentní vyměření či doměření daně není výsledkem právního ani skutkového posouzení správcem daně. Nelze je vykládat jako potvrzení správnosti postupu plátce ani jako ukončení skryté daňové kontroly [22]. Výjimkou by mohly být zjevné, na první pohled odhalitelné chyby, o takové ale město netvrdilo konkrétní skutečnosti [23]. Formálně zahájená kontrola z ledna 2025 navazovala na faktickou kontrolní činnost z října 2024, nikoli na ukončenou předchozí kontrolu [27]. Výzvu k prokázání skutečností nelze zpravidla oddělovat od daňové kontroly a samostatně ji napadat jako zásah [26].
6. Proč je rozhodnutí důležité: Rozsudek prakticky vymezuje hranici mezi „akceptací“ daňového tvrzení a skutečným přezkumem. Pro plátce DPH je podstatné, že vrácení přeplatku po dodatečném přiznání nevytváří legitimní očekávání, že nárok už nebude kontrolován v běžící prekluzivní lhůtě [22, 25].
7. Praktický dopad: Daňové subjekty by neměly spoléhat na to, že vyplacený nadměrný odpočet znamená věcné schválení metodiky. Správci daně naopak musí počítat s tím, že vyžádání evidence a vysvětlení výpočtu už může být posouzeno jako materiální zahájení kontroly [9, 28].
8. Zajímavost / podnětná myšlenka: NSS upozornil na probíhající předložení otázky materiálního zahájení daňové kontroly rozšířenému senátu, ale zde to výsledek nemohlo změnit: ani jedna z možných linií by nevedla k závěru o nezákonně opakované kontrole [28].
9. Klíčová slova: DPH, dodatečné daňové přiznání, konkludentní doměření, přeplatek, nadměrný odpočet, poměrný koeficient, skrytá daňová kontrola, opakovaná daňová kontrola, nezákonný zásah
10. Metadata:
Soud: Nejvyšší správní soud
Spisová značka: 8 Afs 16/2026 - 46
Datum rozhodnutí: 6. 8. 2026
Odkaz: neuveden v poskytnutém textu
A) Krátký nadpis pro web: Vrácený přeplatek nebrání kontrole
B) SEO titul: Konkludentní doměření není souhlas správce daně
C) SEO meta description: NSS: vrácení přeplatku po dodatečném přiznání neznamená schválení nároku ani konec kontroly.
