1. Stručné shrnutí
Nejvyšší správní soud potvrdil zamítnutí registrace družstva k DPH. Správce daně sice před zamítnutím přihlášky nevydal výzvu podle § 128 odst. 1 daňového řádu, její účel však byl naplněn v odvolacím řízení: daňový subjekt byl konkrétně seznámen s pochybnostmi a dostal prostor reagovat. Třicetidenní lhůta pro rozhodnutí o registraci je pouze pořádková; její marné uplynutí nezakládá registraci k DPH.
2. O co šlo
Družstvo tvrdilo, že překročilo obrat pro povinnou registraci k DPH při budování a provozu datacentra pro společnost Vienna CZ. Správce daně však reálnost deklarované ekonomické činnosti ani dosažený obrat nepovažoval za prokázané. Poukázal zejména na personální propojení subjektů a na účelovost předložených dokladů; registraci proto zamítl. Samotné nesplnění hmotněprávních podmínek registrace stěžovatel v soudním řízení nezpochybnil [1], [3], [4].
Spor se tak soustředil na postup při registraci. Stěžovatel namítal, že druhá přihláška byla samostatným řízením, v němž mu správce daně musel samostatně zaslat výzvu k odstranění pochybností. Bez ní podle něj nemohl přihlášku zamítnout. NSS mu dal za pravdu jen částečně: řízení o obou přihláškách skutečně byla samostatná a nelze říci, že nevydání výzvy ve druhém řízení bylo samo o sobě zhojeno dřívějším řízením [22].
Rozhodující však bylo, že v odvolacím řízení byl stěžovatel 10. 10. 2023 seznámen i s konkrétními pochybnostmi k druhé přihlášce, včetně toho, z jakých podkladů správní orgán vychází, a mohl je vyvracet. Smyslem výzvy podle § 128 daňového řádu je právě sdělit pochybnosti a umožnit na ně reagovat; procesní vadu lze dalším průběhem řízení zhojit. Jelikož stěžovatel další důkazy nepředložil, absence prvostupňové výzvy neměla vliv na zákonnost zamítnutí [21], [23]. Správce daně navíc může při posuzování přihlášky pracovat s informacemi získanými z úřední činnosti, pokud s nimi subjekt řádně seznámí [23].
5. Proč je rozhodnutí důležité a jeho praktické dopady
Rozsudek odmítá ryze formalistickou obranu proti zamítnutí registrace: nevydání výzvy podle § 128 daňového řádu je pochybením, nikoli automatickým důvodem ke zrušení rozhodnutí. Daňový subjekt musí po seznámení s pochybnostmi aktivně předložit důkazy k reálnosti své činnosti; nelze spoléhat jen na procesní námitku. Správce daně naopak musí dbát na to, aby byly pochybnosti k posuzované přihlášce konkrétně komunikovány a aby subjekt dostal skutečnou možnost odpovědi.
Lhůta 30 dnů pro rozhodnutí o registraci podle § 129 odst. 1 daňového řádu je pořádková. Její překročení nezpůsobuje konkludentní registraci ani nezákonnost pozdějšího rozhodnutí; ochranou proti prodlení je nečinnostní žaloba [24]–[26].
7. Zajímavost / podnětná myšlenka
NSS přesně oddělil dvě otázky: předchozí samostatné registrační řízení nemůže nahradit procesní postup v novém řízení, avšak následné odvolací řízení může napravit nedostatek prvostupňového postupu, pokud daňový subjekt fakticky obdrží tutéž procesní ochranu. Prakticky tedy nerozhoduje název úkonu, ale to, zda byly pochybnosti sděleny a zda existovala reálná možnost je vyvrátit.
při tvorbě rešerše byla využita umělá inteligence. uvedené závěry vyjadřují názor provozovatele stránek a nejsou radou ani doporučením. Před využitím v konkrétních situacích si zanalyzujte originální text rozhodnutí či si vyžádejte radu profesionála.



